Il 14 giugno 1940 partì da La Spezia per la prima missione bellica e si portò al largo di Tolone. Rientrò a La Spezia il 19 senza essere venuto a contatto con unità nemiche. 

Il 23 giugno 1940, al comando del T.V. Brunetti, in agguato nel golfo del Leone, avvistò un piroscafo armato diretto verso Marsiglia. Si portò all’attacco e lanciò due siluri che tuttavia fallirono il bersaglio. 

Nel mese di luglio 1940 passò alle dipendenze dirette di Supermarina e venne adattato per il trasporto dei maiali.

Il 16 agosto partì da Messina per la prima missione di trasporto S.L.C. contro la base di Alessandria (operazione G.A.1). Il 21 agosto arrivò nel golfo di Bomba, a 36 chilometri da Tobruk, dove lo raggiunsero la  torpediniera Calipso e la motonave Monte Gargano che trasportavano i maiali e gli Incursori. 

Nei giorni 21 e 22 agosto, l’Iride doveva effettuare un’immersione di prova a 30 metri di quota per verificare l’efficienza delle apparecchiature. 

E’ il caso di puntualizzare che sull’Iride non erano stati installati i contenitori cilindrici, ma i maiali erano semplicemente ancorati in coperta.

Il 22 agosto, mentre si dirigeva al largo, fu attaccato da tre aerosiluranti britannici  Fairey Swordfish. Centrato da un siluro proprio durante la manovra di immersione con gli sfoghi d’aria dei doppi fondi già aperti, l’Iride affondò immediatamente in un fondale di soli 14 metri, portando con se gran parte dell’equipaggio. 

Nel troncone prodiero rimasero intrappolati dieci uomini nella camera di lancio AD. 

Dopo 30 ore di durissimo lavoro, gli operatori dei maiali e i palombari della nave Tobruk riuscirono a portare in superficie sette uomini, due dei quali morirono successivamente per embolia traumatica. 

Complessivamente l’Iride aveva compiuto sette missioni di guerra e percorso 2.915 miglia.