Il  fallito tentativo dell'Agosto 1940 contro Alessandria d'Egitto con la conseguente perdita del Sommergibile IRIDE, non scoraggiò gli uomini dei mezzi d'assalto, anzi il lavoro continuò alacremente per allestire nuove missioni.

Vennero allestiti due nuovi sommergibili, il Gondar e lo Scirè, per il trasporto degli S.L.C.; a questo scopo in coperta vennero sistemati n° 3 cilindri (uno a prora e due affiancati a poppa) costruiti nello stabilimento industriale OTO di La Spezia, eliminando definitivamente il gravissimo inconveniente di vincolare la navigazione del sommergibile  ad una profondità massima di 30 metri.

Ora i sommergibili potevano spingersi, senza recare danni agli SLC,  fino a circa 90 metri. 

Al comando del Gondar fu chiamato il Tenente di Vascello Francesco Brunetti; egli aveva fatto specifica richiesta di essere destinato al comando del sommergibile per portare a termine l'operazione tragicamente interrotta con il sommergibile Iride (G.A.1).

La perdita del Sommergibile Gondar  e la conseguente interruzione della missione G.A.2  vennero raccontate dal comandante Brunetti nel suo rapporto di missione redatto il 9 Novembre 1944 presso MARIASSALTO Taranto.

21 Settembre 1940
Alle ore 2200 mollo gli ormeggi dalla banchina della Caserma Sommergibili di La Spezia e dirigo per Messina.

22 Settembre

Alle 2230 ricevo l'ordine da Supermarina Roma di allargare in fuori la rotta onde evitare possibile incontro sommergibile nemico operante al largo di Napoli.

23 Settembre
Alle ore 2100 circa, ormeggio alla boa Paradiso fuori dal porto di Messina ...entro nel porto e mi affianco al molo carbone. Nella notte completo il rifornimento di acqua e nafta. Consegno, come da ordini, al Capitano di Fregata Biagi, Comandante del Gruppo Sommergibili di Messina, l'archivio segreto dell'Unità, conservando a bordo le pochissime pubblicazioni previste dall'ordine di operazione.

24 Settembre
...Alle 0730 imbarco  il personale della missione ...
Dirigo per Alessandria.

24-25-26-27-27 Settembre
Navigazione secondo rotta e modalità previste dall'ordine di operazione. Nulla da segnalare.

28 Settembre
..Alle ore 2200 circa, avvisto di prora a sinistra, a circa 1500 metri di distanza, una Corvetta nemica  procedente con rotta opposta alla mia, a lento moto. Secondo gli ordini previsti, non eseguo attacco, m'immergo, accosto di 45° sulla dritta, fermo tutti i macchinari ad eccezione della girobussola, andatura al minimo con giri sfasati. Con gli idrofoni seguo l'Unità nemica che a poco a poco si allontana verso poppa e scompare. Dopo circa due ore e mezzo, ritenendo di essermi sufficientemente allontanato, dovendo anche completare la carica delle batterie, emergo e riprendo la rotta prevista...

29 Settembre
Alle ore 01,30 circa avvisto, poco di prora a sinistra alla distanza di circa mt. 3.000, lampi di segnalazione  a luce bianca. ... Dagli idrofoni si stabilisce trattarsi di almeno 3 Unità a turbina. ... Verso le 0430 le unità nemiche si allontanano vero Sud e spariscono.
... Al tramonto, verso le 1900 emergo. ... Pochi minuti dopo l'emersione ricevo ordine da Supermarina Roma di portarmi a Tobruk. ... alla distanza di circa 1500 metri, una unità nemica. M'immergo e mi porto a mt. 80. ... Fermo l'eliche e tutti i macchinari. Gli idrofoni rivelano la presenza  di un'unità a turbina che ci passa sulla verticale. Dopo circa 15 minuti ci scoppia vicinissima la prima salva di 5 bombe. ... Poco dopo la prima salva gli idrofoni rivelano la presenza di altre due unità di cui una a turbina. Le tre unità rimasero in zona per tutta la durata della caccia.

Ora si  prosegue  con uno stralcio della relazione del C.F.  Mario GIORGINI Comandante della missione imbarcato sul Sommergibile a Messina il giorno 24.

... Alle ore 0830 circa del 30.9.1940, dopo dodici ore di attacco con bombe da getto da parte dei due CC.TT. e di una torpediniera e di un aereo tipo Sunderland (intervenuto all'alba)  il sommergibile si trovava trascurando le avarie secondarie, nelle seguenti condizioni:

• impianto pneumatico per manovra allagamenti  DD.FF. centrali e sfoghi d'aria estremi in avaria;
• rottura delle aste di molte ed importanti leve di bordo;
• stato di carica delle batterie elettriche 60% circa;
• pressione locali interna circa m. 30;
• cassoni di poppa contenenti apparecchi speciali allagati;
• camera di lancio AD allagata oltre il livello dei cuscinetti di propulsione a causa  delle forti infiltrazioni degli assi;
• locali M.T. allagati oltre il livello dei paglioli inferiori per travaso d'acqua della camera lancio A.D.;
• casse compenso ad assetto esaurite
• aria A.P. dei quattro gruppi di bordo a Kg.30.

Sentito il parere del comandante del sommergibile e del Cap. G.N. Toschi Elios al quale avevo fatto ispezionare il sommergibile, ritenuta impossibile ogni ulteriore resistenza, decido di abbandonare il Gondar, do pertanto l'ordine al T.V. Brunetti di abbandono nave  precisando che, data la particolare missione dell'unità il sommergibile non deve eseguire manovra di attacco e lancio a meno di trovarsi in posizione di poter lanciare immediatamente. L'equipaggio doveva subito abbandonare la nave ad eccezione di quello destinato ai tubi di lancio P.R.

... Il sottoscritto, uscito per ultimo dall'interno del sommergibile e salito in coperta PP. a DR. 

Gli ultimi uomini si stavano gettando in acqua  mentre il C.te Brunetti procedeva  all'affondamento...

Operatori ed equipaggio (salvo un disperso) cadono prigionieri.